南部区域包括广东、广西、海南、福建四省，该区域人口地中海贫血基因携带率高，发病率相对较高，地贫防控是该区域的重要工作方向。

南部区域下设广州、深圳、粤西、粤东、广西、海南、福建6个省级业务单元，已建成广州医学检验所，拟筹建海南、福建医学检验所。南部区域通过整合区域优势资源，借助高通量测序平台、质谱平台、PCR平台、生化免疫产线的整合，为妇幼健康、感染防治、肿瘤防控、慢病防控提供全面解决方案。

2021年底，南部区域首创“火眼”实验室“平战结合”的韶关地贫防治新模式，利用疫情常态化下的“火眼”实验室开展大规模的地中海贫血基因筛查，此次地贫基因筛查，是华大“火眼”实验室就地升级的首次示范，也是华大“火眼”实验室在妇幼健康领域的首次应用，未来还能与当地医疗机构及公共卫生系统携手探索在肿瘤防控、传感染疾病防控等领域的运用。

2021年底，广东省中医院-华大基因感染精准检测实验室、广东省中医院-华大基因肿瘤精准检测实验室举行揭牌仪式，广东省中医院—华大基因联合实验室作为全国中医院系统首个二代测序基因检测实验室，能提供肿瘤、遗传病、病原微生物等临床基因检测一站式解决方案。

未来南部区域将持续发力，在临床项目上将“生”“活”“染”“慢”、吉比爱等渠道和能力资源进行全面整合，深化合作；在民生项目上不断突破，力争实现多个“百万计划”，如百万地贫、百万耳聋、百万新生儿基因组等，以科研带动临床业务和人才培养的全面提升，为客户提供更长远、更全面的价值。