西南区域覆盖云南、贵州、四川、重庆以及西藏自治区五个地区，地处国际“一带一路”：孟中印缅经济走廊上。该区域是我国生物多样性资源最为丰富的区域，其中云南省是全球生物物种高富集区和世界级基因库，野生近缘种资源丰富，享有“生物资源王国”和“生物基因宝库”之称。

西南区域下设渝藏、云南、贵州、四川和运营部五个业务职能单元。已建有云南、贵州、重庆、等多所华大医检所，打造“临床+民生+科研”大贯穿的交付中心，提供妇幼健康、感染防治、肿瘤防控、慢病防控等全面解决方案。

其中，云南华大昆华医学检验所获批国家发改委服务业引导资金项目，成为云南省精准医学检测公共服务平台。重庆等地建立了“火眼”实验室，助力常态化疫情防控及民生项目覆盖。贵州华大医检所成立了青少年科学实践平台，推动青少年科学素养提升，实现科学与教育的多维链接。

华大基因在西南地区，与华西医院、四川省人民医院、重庆儿童医院、云南省第一人民医院等大型三甲医院建立了战略合作关系，在“产”“学”“研”全方位深入合作。

云南省第一人民医院全国首家引入自动化工作站，高效完成样本从提取到PCR加样的过程，将地贫的检测检测通量和效率预计提升3倍。

2021年6月，华大基因与四川大学华西医院合作，以1348元/例的价格，对十万例罕见病患者进行全基因组测序，希望通过基因技术，助力维护罕见病患者的健康权益。

在过去的发展中，西南区域一直稳中求进，在业务市场、人才队伍和社会资源等方面都打下了良好的基础。未来将继续发挥区域优势，寻找新的突破口，因地制宜制定地区个性化的发展策略，推动项目落地。