バイオインフォマティクスソフトウェア

BGIは大規模な生物学解析やゲノムシーケンシングデータ処理のニーズに応じ、様々なバイオインフォマティクスソフトウェアを提供しています。


マッピング

SOAP (Short Oligonucleotide Alignment Program) – 短いオリゴヌクレオチド(ギャップあり/なし)をレファレンス配列にアライメントし、次世代シーケンシング技術を用いて、大量の短リードを処理する。

EXON_CAPTURE_PIPELINE-全ゲノムにわたるエクソンを獲得・解析します。

ReAS–全ゲノムショットガン法で獲得したリードを用い、祖先遺伝子の塩基配列を復元します。
RePS (repeat-masked Phrap with scaffolding)
 –WGSシーケンスアセンブリソフトの1つで、アセンブリ前に反復配列を同定し、WGS配列を削除します。

ショートリード –  詳しくはこちら.


変異の検出

SOAPsnp-参照配列と比較し、SNPsを検出します。

SOAPdenovo-費用対効果の高いソフトで、ショートリードをアセンブリしヒトなどの大きいゲノム配列を再構築します。

Solar-アライメント結果(特にイントロンのアライメント結果)を処理します。


注釈 & 変異

MIEREAP–既知/新規miRNAを同定します。

FGF (Fishing Gene Family)–遺伝子ファミリーを発見して系統樹を組み立てることで、遺伝重複後の進化を解明します。


データ比較

HIBAIS–HapMapに基づいて血統を解析します。

SOLEXA-MRNATAG_PIPELINE–Illumina-Solexaシーケンスデータに基づいて遺伝子発現を解析します。

CAT (Cross-species Alignment Tool)–哺乳類種間のmRNA配列をアライメントすることができます。

KaKs_Calculator–非同義置換と同義置換の比(Ka/Ks)を計算します。



報告書 & 可視化

SVBP-信頼性試験と結果の可視化(配列アセンブリー)を行います。

WEGO (Web Gene Ontology Annotation Plot)-GOアノテーション結果の図式化を行なうソフトで、比較ゲノム学で本領を発揮します。