cDNAライブラリー作製とESTシーケンシング

製品概要

cDNAライブラリーとは、特定の組織や細胞のmRNAをもとに作製し、逆転写後、受容菌に転化して作ったライブラリーのことを言います。cDNAライブラリーは細胞全部のmRNA情報を持っています。特定の成長段階によってmRNAの組成が異なるので、cDNAライブラリーは細胞(組織)特異性という特徴があります。現在BGIでは、完全長cDNAライブラリーと均一化完全長cDNAライブラリーの作製が可能です。

ESTはExpressed Sequence Tagの略で、ランダムにcDNAクローンを選び、5’末端或いは3’末端からシーケンシングします。cDNAの一部の配列は、ゲノムの一部として使われます。

cDNAライブラリーとESTシーケンシングの応用:

  • 新しい遺伝子のクローン
  • 遺伝子発現プロファイルの解析
  • ESTでSSR標識の検出
  • 疾患、発育などの機能に関わるキー遺伝子の検出
  • ある生物の形質を変えるための、トランスジェニック研究の展開
  • ESTは分子標識連鎖地図のプローブとして利用可能

ワークフロー

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データ解析

1.cDNAライブラリー

ライブラリーの容量・挿入断片のサイズ・全長率・冗長率・Blast結果などを解析

2.ESTシーケンシング

データのフィルタリング

アダプター配列・コンタミネーション及び低品質リードの除去


標準データ解析

ESTのクラスターとアセンブリーで、Unigeneを作成

UnigeneのORF(Open Reading Frame)を捜索

各ESTデータベースでcodon usage、GC content distribution、length distributionなどの情報を提供

遺伝子発現量の解析・Unigeneの結合・機能予測(Blstx、Blastn)と分類



技術パラメーター

サンプル要件

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※ライブラリー作製が困難と判断される場合がありますので、予備のサンプルの同梱を推奨しています。



納品物

  • cDNAライブラリーの作製:

全てのライゲーション産物・形質転化した細菌の菌液・ライブラリーの検査報告書・評価報告書

  • ESTシーケンシングプロジェクト:

プラスミド・クローン・生データ・データ解析報告書


納期

cDNAライブラリー:約30営業日

ESTシーケンシング:約30営業日


注意事項

1.ご依頼の内容により、サンプルの必要量が異なりますので、詳細はBGI JAPANまでお問合せください。
2.サンプルはドライアイスを同梱し、ヤマト運輸の着払い・クール便(冷凍タイプ)で発送してください。
3.翌日着予定(離島を除く)月曜~木曜に到着するよう発送してください。
4.お客様のサンプルを迅速に輸送するための事前準備(輸送会社・ドライアイス手配)が必要ですので、サンプルの発送日を、発送当日の午後5時までに必ずご連絡ください。
連絡方法:Fax:078−599−6109 & E-mail:bgijp-sample@genomics.cn (BGI JAPAN株式会社)
5.再度品質検査の結果によっては、再度サンプルのご提供をいただく場合がございます。
6.サンプルはライブラリー作製・納品後、破棄させていただきます。返送、保管についてはご相談下さい。