プラットフォーム

現在、BGI は Illumina HiSeq 2000(137台)、Illumina HiSeq 2500、Ion Proton、Ion PGM、Roche GS FLX、MiSeq、ABI 3730を保有しています。


シーケンスプラットフォーム

Illumina HiSeq 2500  

 

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HiSeq 2500システムはIllumina社の次世代シーケンサプラットフォームの最新機種です。装置内クラスター形成およびRapidランモードの新機能を搭載し、最も迅速な自動化ワークフローが可能です。

特長:

・Rapidランモードでは納期が早い

・150bpのリード長でシーケンス解析が可能

・応用:ゲノムシーケンス解析、トランスクリプトーム解析、微生物ゲノム解析など様々な領域へ応用


Ion Proton™ シーケンサ ー 

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Ion Proton™ シーケンサはLife technologies社の高密度半導体センサーチップ搭載のベンチトップゲノムシーケンサです。

特長:

・高速シーケンス:納期が速く、ライブラリー作製・シーケンシング・データ解析を含めてわずか20営業日

・Illumina HiSeq 2000・qPCRのデータとの相関性が高い

・BGIで提供するサービス:RNA-Seq定量解析


Illumina HiSeq 2000

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HiSeq 2000 システムは合成時解読(Sequence by Synthesis)法とクローン分子クラスター(clonal molecule clusters)法を組み合わせることで、de novoシーケンス解析全ゲノムリシーケンス解析トランスクリプトーム疾患研究エピジェネティックス微生物ゲノム解析などに応用されており、圧倒的なデータ量を迅速に産出することができます。

特長:

・圧倒的なデータ量:2×100bpのリード長で、1ランあたり200Gbのデータを産出(1日あたり25Gb、1ランあたり20億リード)

・コスト効率のよいデータ産出:ヒトゲノム30倍のカバレッジの高精度データを低コストで産出し、DNA解析からデータ解析まで、短時間で成果を取得

・幅広い分野への応用:遺伝子発現、Small RNA検出・解析、タンパク質-核酸相互作用解析など、幅広い分野に応用



Roche GS FLX Platform

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高精度・ハイスループットで次世代シーケンサーの中で最長のリード長を誇るGS FLX+ Systemは、大規模なゲノミクス解析プロジェクトに適しています。高性能なGS FLX+ Systemでは最長1Kbのリード長を取得可能。XL+試薬とXLR70試薬を利用できます。



Ion PGMTM シーケンサー

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半導体マイクロチップを搭載したLife technologies社のIon PGMTMシーケンサが、高品質なDNAシーケンシングデータを迅速に解析します。DNA合成時のPH値の変化を観測することによって、DNA配列を同定します。現在、Ion PGMTMシーケンサでは数時間でデータを処理できるマイクロチップを3種類提供しています。BGIはIon PGMTMシーケンサを利用し、ドイツで発生した致死性大腸菌・O104を迅速にシーケンスしました。



Applied Biosystems 3730x/DNA Analyzerxl DNA Analyzer 

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96本のキャピラリーを搭載したApplied Biosystems 3730x/ DNA Analyzerは、先進的な光学系を装備した自動化システムに独自の試薬を組み合わせ、スループットの向上・高精度データの作成・そして試薬消費量の削減を実現しました。

特長:

  • 高精度な自動化機能:オートサンプラーとサンプルプレートスタッカーを統合。内蔵型バーコードリーダーを搭載。
  • 大容量のスループット:1つのキットで最大9,600サンプルまでをサポート
  • 高品質なシーケンス解析:最高70℃のキャピラリー温度で二次構造を融解。新しい分離用マトリックスで、最大1,000bpの塩基を解読。クオリティーバリュー付の新しいベースコーラーにより、生データとコンセンサスシーケンスの精度が向上
  • 最高感度の光学系:キャピラリー内検出。CCD。キャピラリアレイ両側からの照射で、非常に均一な光学的検出が可能。高感度になったことで、使用するDNA濃度の範囲を最大化


エキソームキャプチャープラットフォーム
Agilent Sure Select Target Enrichment

アジレント社のターゲットDNA濃縮キット(SureSelect Target Enrichment System)を用いることで、低コストで次世代シーケンシング装置を利用したターゲット領域のみの解析が可能になりました。現在、SureSelect Target Enrichment Systemで濃縮されたサンプルは、Illumina GA・HiSeq・SOLiD・454 Life Sciences FLX・GS Junior NGS Systemsに対応しています。キットはカタログ製品だけでなく、カスタム製品など幅広いラインナップの中から選択可能。最適化されたプロトコルによって、効率の高いターゲットエンリッチメントを実現しています。均一性・カバレッジが高いため、大規模なシーケンシングやハイスループットを要する研究にも対応しています。



Roche NimbleGen Sequence Capture Technology

NimbleGen Sequence Capture 技術は、次世代ゲノムシーケンスを効率的かつ低コストで行うために、全ゲノム中の連続的な領域や、不連続な領域、エクソン領域など、シーケンスしたいターゲット領域を選択的に抽出する技術です。回収したいゲノム領域に対するプローブを搭載したマイクロアレイを用いてハイブリダゼーション・洗浄・溶出・増幅を行い、ターゲット領域(回収したいゲノム領域) のみをエンリッチさせます。お客様のご要望に合わせたプローブを自由に設計できるので、興味のある任意のターゲットを自由に選択して実験を行えます。


ジェノタイピングプラットフォーム
Illumina iScan

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iScan システムは、イルミナBeadChipで行うゲノム解析の高感度かつ高精度な画像処理をサポートする最先端の専用アレイスキャナーです。高いS/N比、優れた感度、低い検出限界、広いダイナミックレンジを特長とするこのスキャナーは、極めて高精度なデータを提供します。これまで何時間もかかっていたBeadChipのスキャン時間が分単位にまで短縮されるため、多数のサンプルを対象とする大規模な研究プロジェクトでも圧倒的な速さで完了できます。このような解析時間の大幅な短縮は、プロジェクトの短期間での完了や、早期の結果発表、そして研究費の削減につながります。

特長:

  • 高密度ジェノタイピング・CNV解析・DNAメチル化・遺伝子発現プロファイリングでの高度な画像処理
  • 高スループットスキャン:多数の高密度サンプルアレイを迅速に処理し、高品質データを産出

Sequenom MassARRAY iPLEX Gold

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iPLEX Goldは、SNPジェノタイピング用の代表的なテクノロジーです。MassARRAY システムはGWAS関連研究のファインマッピング及びバリデーションのほか、標的SNPパネルの通常遺伝子検査にも広く使用されています。MassARRAY SNPジェノタイピングはシンプルで精確なプライマー伸長ケミストリーとMALDI-TOF質量分析装置の利点を組み合わせることで、ジェノタイプの特性決定を、最高水準での再現性で、迅速かつ費用効率よく行うことができます。高度なフレキシビリティと1回のジェノタイピングあたりの低コストを特徴とするiPLEX Goldアッセイは、最大40プレックスまでのマチルプレックスにおける規定通りのアッセイのデザインのため、数多くの論文発表において使用されています。


光学マッピングプラットフォーム
OpGen Argus Optical Mapping System

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De Novo技術-単一DNA分子から微生物の全ゲノムマップを得られます。

特長:

  • 光学マップを作るために必要なすべてが含まれた完全システム
  • 微生物ゲノム全体を解析するためのソフトウェア
  • 系統タイピング、比較ゲノム解析、全ゲノムシーケンスアセンブリー


プロテオミクス質量分析プラットフォーム
Thermo Scientific LTQ Orbitrap Velos

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LTQ Orbitrap Velosシステムは、未変化タンパク質解析に優れた精度と分析能を誇ります。CID法・HCD法・ETD法の3つのMS/MS法を、1度の測定で行うことが可能。またHR/AMマススペクトルを取得しながら、同時に価数判別も行い、自動的に最適なMS/MS法を選択し、効率的なMS/MSを行いながらタンパク質のカバー率を向上させるData Dependent Decision Tree法を行うことも可能。質量分析法は、プロテオミクス・薬物開発・メタボロミクスで利用できます。


Bruker maXis

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MaXisは非常に優れた質量精度・高分解能・高感度な特長を持つ高速質量分析計で、低分子化合物の同定・微量分析・代謝物研究・定量プロテオミクス・バイオマーカー探索分野で利用可能です。高分解能・高速スキャンで600~800ppbの質量精度をMS、MS/MS両モードにおいて取得可能です。


AB Sciex QTRAP 5500

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QTRAP 5500は超高感度トリプル四重極システムのMultiple Reaction Monitoring(MRM)が可能です。より効率的、簡単に代謝物の検出・同定から定量まで可能です。薬物開発・ADME・毒物学・代謝学・法医学・臨床学・環境・食品保証など、幅広いアプリケーションにおいて最高の性能を発揮します。


Bruker UltrafleXtreme

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ultrafleXtremeは次世代のMALDI-TOF及びTOF/TOF質量分析計で、高いパフォーマンスの測定をTOF及びTOF/TOFモードにおいても1kHzのスピードで達成します。smartbeamレーザーによって、タンパク質組織イメージング、インタクトプロテイン解析、生物製剤またはオリゴQCからLC-MALDIプロテオミクス、高解像度組織イメージングに基づいたバイオマーカー探索、トップ・ダウン解析を含む幅広いアプリケーションに柔軟に対応します。


Waters Xevo TQ-S

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Xevo TQ-S 直列型質量分析計はフェムトグラムレベルまたはそれ以下のサンプルのターゲット化合物を高精度で測定できます。新オフアクシス・イオン輸送テクノロジーであるStepWaveやコリジョンセルテクノロジーであるScanWaveを用いることで高感度スペクトル測定ができ、全ての成分のデータ取得をしながら、ターゲット化合物を高感度に測定するモード・RADERを搭載しています。1台の装置で定量と定性の両方に適用でき、バイオアナリシス、ADMEスクリーニング、食の安全、モニタリング、法医学など様々なUPLC/MS/MSアプリケーションに適用できる汎用性があります。