MHC領域シーケンス解析―Nimblegenと共同開発

MHCとはmajor histocompatibility complexの略で、主要組織適合遺伝子複合体のことを指します。ヒトのMHCはHLA(白血球型抗原)と呼ばれ、非常に多様性に富む遺伝子領域であり、近年の研究により、数百種以上の病気に関与していることが指摘されています。そこで、BGIはNimblegenと協力し、高頻度反復配列領域のMHCを効率的に濃縮する方法を共同開発しました。

 


表 1 MHC関与疾患リスト


アプリケーション

◎ 自己免疫疾患、がんなどの複合疾患
◎ 臓器移植に応用可能なジェノタイピング
◎ HLA解析による疾患感受性・耐性の判定
◎ ワクチン開発と創薬標的遺伝子の発見
◎ 親子鑑定と法医学
◎ 群集の進化


特長

高頻度反復配列の高カバー率・効果的濃縮
MHC領域:カバー率97%
mRNA領域:カバー率99%
MHC領域3.4Mbと隣接領域1.5Mbをカバー
既知の8ハプロタイプをカバー
高費用対効果・高感度・高精確率

                                 表 2 標的遺伝子キャプチャーとジェノタイピングの比較

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図 1 MHC領域のシーケンス深度分布