サービス概要

トランスクリプトームシーケンス解析は特定の条件下において、生物サンプルの中のRNA の有無、量および構造を明らかにするために使用されます。マイクロアレイ解析のようなハイブリダイゼーションに基づくRNA 定量法に比べ、シーケンシングに基づくトランスクリプトーム検出はより広いダイナミックレンジで、低バックグラウンド、高精度かつ高再現性で遺伝子発現を定量することができます。さらに、トランスクリプトームシーケンス解析では既存のノム配列を必要とせず、マイクロアレイでは検出できない変異、スプライスバリアントおよび融合遺伝子の検出が可能です。

サービス仕様

BGI トランスクリプトームシーケンス解析サービスはｃPAS とDNA Nanoballs （DNB™）テクノロジーを備えたDNBSEQ™テクノロジーを使用して実行され、優れたデータ品質を得ることができます。

• mRNA 濃縮とrRNA 除去キットが選択可能
• ストランドシーケンシング
• 100bp と150bp ペアエンドシーケンシングが利用可能
• 1サンプルあたり3,000 万リード以上を推奨
• 生データとバイオインフォマティクス解析は標準ファイル形式でご提供
• 高度なカスタムバイオインフォマティクスデータ解析
  

• Q30≥80%

• QC 合格から約4 週間
• ラピートサービスが提供可能

ワークフロー

検体のQC からデータ解析・納品まで、BGI は責任を持って行います。今まで蓄積した様々な技術やノウハウを生かし、高いクオリティのデータをお客様にお届けします。

データ解析

お客様のプロジェクトに合わせたバイオインフォマティクス解析をカスタマイズすることができます。お気軽にお問い合わせください。

標準ファイル形式で納品： FASTQ、BAM、Excel

サンプル要件

サンプル種類：Total RNA、血液、細胞株、FFPE、新鮮凍結組織、単一細胞サンプル

データパフォーマンス

10,000 以上のサンプルから1,072 サンプルがランダムに選ばれ、BGI の研究所で6 ヶ月間にわたってシーケンスを行いました。この期間において、データ産出とデータ品質は安定していました。 Q20 とQ30 の平均スコアは97％でした。

Dr.Tomシステムのコア機能

アソシエーション分析
Dr.Tom を使用し、クリックするだけで、ターゲット遺伝子とRNA の関連付けを検出することができます。相互作用の関係( PPI、Target、Co-expression、ceRNA、GGI、RNAplex など）、または位置の関係（上流と下流の位置など） に基づいています。

カスタムデータセット
お客様は、独自の遺伝子発現データをアップロードし、グラフ化と可視化のためのツールボックスを使用して、濃縮、クラスタリングおよびマルチオミクス関連分析を行うための独自の遺伝子注釈データベースを構築することができます。

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